Die Innenausstattung der Kirche war zunächst provisorisch. Den Hochaltar schmückte ein Bild der Gottesmutter.
Die 1938 unter großen Opfern der Bevölkerung fertiggestellte St. Leopolds-Kirche war zwar für die Feier des Gottesdienstes in jeder Weise geeignet, doch so manche Einrichtungen waren typische Provisorien und mußten im Laufe der kommenden Jahre entweder zur Gänze ausgetauscht oder gründlichst überholt werden. Auch die Liturgiereform infolge des II. Vatikanischen Konzils machte verschiedene Neuerungen, insbesondere eine Umgestaltung des Altarraumes, notwendig.
Wenn auch die Kirche keine ausgesprochenen Kriegsschäden zu verzeichnen hatte, waren doch die Kriegsjahre an ihr nicht spurlos vorübergegangen. So war z. B. das ursprüngliche Kupferdach für Kriegszwecke entfernt und durch ein dünnes Blechdach, das natürlich nur eine geringe Lebenserwartung hatte, ersetzt worden.
Die geschilderten Umstände brachten es mit sich, daß bis zum heutigen Tag verhältnismäßig viele bauliche Umgestaltungen oder Erneuerungen notwendig waren.
Die 1933 für die St. Gertruds-Kapelle Klosterneuburg-Leopoldstraße von der Firma Kauffmann Wien angefertigte Orgel wurde unter großen Schwierigkeiten abgetragen, mit einem Pferdegespann nach St. Leopold transportiert und hier unter Mithilfe von Nichtfachleuten liebevoll neu aufgebaut. Für Abbau, Transport und Aufbau genügte der Zeitraum von Mai bis Oktober 1941. Wie die Orgel aus einer anderen Kirche übernommen worden ist, haben auch andere Pfarren der Kirche verschiedene Einrichtungsgegenstände zur Verfügung gestellt. Paramente wurden aus dem Nachlaß des hochwürdigen Chorherrn Norbert Stenta übernommen.
Noch während des Krieges reifte unter dem Pfarrer Oswald Rod der Plan, die Kirche innen mit Kunstmarmor zu verkleiden und auszumalen. Aus den Aufzeichnungen geht nicht klar hervor, ob unter Ausmalen nur ein Tünchen oder eine Bilddarstellung gemeint war, doch hätte das dem damaligen Zeitgeist und dem persönlichen Geschmack des Pfarrers entsprochen. Bereits im Mai 1947 konnte unter der Amtsführung des hochwürdigen Herrn Ubald Krapfenbauer mit Fundamentierungsarbeiten für ein Pfarrheim, das mit dem Pfarrhaus fix verbunden werden sollte, begonnen werden. Während des Baues kam es zu neuen Lohn- und Preisabschlüssen und dadurch traten fast unüberwindbare finanzielle Schwierigkeiten auf; die Weiterführung der Arbeiten war nur durch den Einsatz freiwilliger Helfer möglich. Nichtsdestoweniger gelang es, das Gebäude in verhältnismäßig kurzer Zeit fertigzustellen und man konnte am 15. Oktober 1947 in den neuen Räumen den Pfarrkindergarten eröffnen.
1949 war es dem Pfarrer Paulus Paur möglich, soviel an Spenden von Gold und Silber aufzubringen, daß die vorhandenen sakralen Geräte neu vergoldet werden konnten. (Gold konnte zu dieser Zeit nicht käuflich erworben werden.)
1950 wurde für die Kirche ein neuer Beichtstuhl angeschafft und seiner Bestimmung übergeben.
Im kommenden Jahr wurde unter dem Chorherrn Theobald Tschetertnik das Gebläse der Orgel, das bisher mühevoll durch ein Tretwerk mit Luft versorgt worden war, auf elektrischen Betrieb umgestellt.
Leider mußte 1954 der an sich sehr gut geführte Pfarrkindergarten wegen finanzieller Schwierigkeiten geschlossen werden. Im Jahr 1955 ermöglichten Mitglieder des 3. Ordens des hl. Franziskus gemeinsam mit dem Kirchenbauverein die Anschaffung eines Teppichs für den Hochaltar.
1957 war ein ausgesprochenes Freudenjahr für die Pfarre. Die Firma Pfundner, Wien, lieferte zwei Glocken und eine Glocke wurde von der Gemeinde Wien gespendet. Sie war ehedem im Kinderheim der Stadt Wien, Klosterneuburg-Martinstraße in Verwendung.
Die neu gegossene Glocke wurde von hochwürdigen Herrn Dr. Andreas Weißenbäck geprüft und für sehr gut befunden. Die Stimmung der Glocken ist h/1 und d/2, die der gespendeten Glocke e/2. Die Glocken wurden von einem festlich bekränzten Pferdegespann auf den Rathausplatz gebracht und vom damaligen Bürgermeister, Herrn Georg Tauchner, empfangen und begrüßt; später ging der Transport in feierlicher Prozession nach St. Leopold weiter.
Hier erhielten die Glocken durch den hochwürdigsten Herrn Generalabt Gebhard Koberger die kirchliche Weihe und wurden im Anschluß daran aufgezogen.
Eine Glocke erhielt im Gedenken an den in der Pfarre verstorbenen Priester Paulus Paur den Namen Paulus, eine Glocke wurde der Gottesmutter Maria und eine dem heiligen Leopold geweiht. Seit dieser Zeit hängen mit dem Zügenglöcklein vier Glocken im Glockenstuhl; die drei großen Glocken werden durch elektrischen Antrieb geläutet.
Im selben Jahr konnten auch vier neue Altäre vom Propst des Stiftes geweiht werden: der Hochaltar, der Herz-Jesu-Altar und der Marienaltar für das Kirchenschiff und der Franziskusaltar für die Krypta. Um die Beschaffung dieser Altäre hat sich ein aus dem Waldviertel stammender Pfarrangehöriger sehr bemüht. Die Firma Widy aus Schrems hat sie aus Waldviertler Granit ausgeführt und aufgestellt.
Weiters erfolgte 1957 die Ausstattung der Kirche mit neuen Bänken.
Der damalige Pfarrer, der hochwürdige Herr Theobald Tschetertnik, verpflichtete sich, für alle lebenden und verstorbenen Wohltäter jährlich am 31. Dezember ein heiliges Meßopfer darzubringen. In einer Anmerkung der Chronik bittet er alle seine Nachfolger, diesen Brauch aufrecht zu erhalten.
Im Jahre 1958 ging ein jahrelang gehegter Wunsch der Bevölkerung des Sachsenviertels in Erfüllung: Es konnte durch den hochwürdigsten Herrn Prälaten die neu eröffnete Volksschule in der Anton-Bruckner-Gasse geweiht werden.
1959 wurde das Turmkreuz vergoldet und eine Blitzschutzanlage für die Kirche installiert.
1962 übernahm Chorherr Hermann Schwab die Pfarre. Es waren dringend notwendige Renovierungsarbeiten am Pfarrhof durchzuführen. Der Raummangel im Pfarrheim war immer drückender geworden und so wurde 1963 mit dem Neubau eines Pfarrheimes begonnen. Das alte Pfarrheim wurde zu einem Kanzleiraum und einer Kleiderablage umgestaltet. Im Dezember des Jahres 1964 konnte das neu errichtete Heim vom Propst des Stiftes geweiht und seiner Bestimmung übergeben werden. Da in der Kirche im Winter die Innentemperatur bis auf minus 6 Grad absank, mußte an den Einbau einer Heizung gedacht werden. Als Vorarbeit wurde 1966 die Zwischendecke isoliert. Im Zuge des Heizungsbaues war ein Anbau an die Sakristei bzw. an die Kirche für einen Heizraum und die Öllagerung notwendig geworden. Bereits im Dezember 1968 konnte die Warmluftheizung in Betrieb genommen werden. Über den guten Erfolg dieser Heizung freuen sich nicht nur unsere eigenen Pfarrangehörigen, sondern auch Gläubige unserer Nachbarpfarren. Das Dach des Pfarrhauses war schon sehr reparaturanfällig und es mußte, gleichfalls 1968, eine Neueindeckung vorgenommen werden. Leider entsprach das dazu verwendete Material nicht, sodaß eine Umdeckung als Garantiearbeit erfolgte.
Um den liturgischen Erneuerungsbestrebungen zu entsprechen, wurde in der Kirche ein provisorischer Volksaltar aufgestellt, der bis zu einer generellen Kirchenrenovierung im Jahre 1972 in Verwendung stand. Nachdem bereits 1971 die vorzunehmenden Renovierungsarbeiten vom Pfarrgemeinderat eingehend diskutiert worden waren, kam es zum Beschluß, sobald als möglich mit einer Kirchenrenovierung zu beginnen. 1972 wurde das Niveau des Altarraumes um zwei Stufen gesenkt und damit die extreme Überhöhung des Presbyteriums gemildert. Im März 1973 weihte der hochwürdige Herr Prälat den neuen Hochaltar und die Kreuzwegstationen. Als Material für den Altar wurde Adria-Grecio-Marmor verwendet; er wurde von der Firma Eduard Hauser, Wien, verfertigt und wiegt ca. 4000 kg. Die künstlerische Gestaltung von Altar und Kreuzwegstationen oblag dem akademischen Maler und Diplomgraphiker Hermann Bauch, Kronberg, bei Wolkersdorf.
1980 mußte an die Trockenlegung des Pfarrhauses und an die Erneuerung der Abwasserentsorgung geschritten werden.
1984 wurde der halsbrecherische Aufgang zum Kirchenboden durch eine Neukonstruktion ersetzt.
1985 war eine Reparatur der pneumatischen Orgel notwendig geworden. Die beauftragten Fachleute stellten fest, daß bei einer Wiederinstandsetzung keine Garantie für eine den Kosten entsprechende lange Verwendungszeit gegeben werden könne. Daher ist seitens des Pfarrgemeinderates der Neubau einer Orgel ins Auge gefaßt worden. Um die Geldmittel für den Orgelneubau zu beschaffen wurde beschlossen, jeweils am ersten Sönntag im Monat eine Kirchensammlung dafür zu veramstalten.
Der Platz vor der Kirche war durch Witterungseinflüsse so stark in Mitleidenschaft gezogen worden, daß sein Zustand bereits eine Gefährdung der Kirchenbesucher bedeutete. Der Beschluß für eine gründliche Sanierung erfolgte und gleichzeitig sollte auch die Kirchenfassade repariert werden. Wie so oft bei Bauarbeiten kam es dabei zu unliebsamen Überraschungen.
Im Hinblick auf die bevorstehende 50-Jahr-Feier der Weihe der Kirche wurde vom Pfarrkirchenrat beschlossen, die Kirche im Jahre 1986 auf Bauschäden zu überprüfen und 1987 diese beheben zu lassen. Die notwenidigen Sanierungsarbeiten wurden wie vorgesehen durchgeführt und der Gottesdienst während dieser Arbeiten vorübergehend in das Pfarrheim verlegt.
Alle aufgezeigten Anschaffungen und Baumaßnahmen konnten nur durch die Gebe- und Opferbereitschaft der Pfarrangehörigen durchgeführt werden. Seitens des Chorherrenstiftes wurden immer wieder beachtliche finanzielle Mittel zugeschossen und auch die Diözese hat jeweils ihren Anteil übernommen und getragen. Letztlich sei auch die immer wiederkehrende Bereitschaft des Kirchenerhaltungsvereines erwähnt, der in dankenswerter Weise alle Maßnahmen unterstützte. In gleicher Weise sei auch der Stadtgemeinde Klosterneuburg für die wirksame finanzielle Hilfe der Dank ausgesprochen.
Wenn in den obigen Ausführungen keine Personen namentlich genannt wurden, die durch Rat und Tat vorbildlich und verantwortlich zum Gelingen einzelner Vorhaben beigetragen haben, so erfolgte dies im Gedenken daran, daß alle Mitarbeiter sich ihrer Aufgabe in tiefer Bescheidenheit widmeten und immer wieder die Tat vor ihre Person stellten. Ihnen allen gebührt aufrichtiger Dank. Gott möge ihnen ihre Mühe und Opferbereitschaft lohnen.
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